生物甲烷，也稱為生物液化天然氣，幾乎完全是甲烷基氣體。它是通過分解有機材料生產的。這可以是農作物或廢料，如農作物殘茬、動物糞便、食物和綠色垃圾，以及使用微生物的廢水污泥。這個過程產生沼氣，然後將其升級為生物甲烷——沼氣升級的主要副產品是CO2。

由於可持續原料的限制，生物甲烷是一種稀缺資源。然而，航運業仍在考慮將生物甲烷作為其燃料選擇的一部分。從農場到船舶燃燒，需要更多的效率和減少需求的措施，以避免生物甲烷供應鏈的意外連鎖反應和鎖定效應。以下是生物甲烷目前不是 航運脫碳的短期、中期或長期解決方案的三個原因：

1. 甲烷洩漏。生物甲烷供應鏈洩漏甲烷，甲烷是一種強大的溫室氣體 （GHG），在導致氣候危機方面的效率是二氧化碳的 80 倍，約佔當今全球變暖的三分之一。與化石天然氣相比，目前沼氣生命週期中甲烷洩漏的速率每單位產生的氣體可以排放更多的溫室氣體。生物甲烷生產和供應鏈的甲烷排放量也有可能超過估計量的兩倍。此外，將生物甲烷注入天然氣管網必須考慮化石天然氣系統和船用發動機中的甲烷洩漏。在合理的洩漏和需求假設下，生物甲烷是氣候密集型的。
2. 生物甲烷原料成分中專門種植的能源作物的誤導性預測。 天然氣工業預計的糞便和農業殘留物量引起了人們的關注，特別是對未明確禁止使用初級能源作物的擔憂。儘管利益相關者一致反對將專門種植的能源作物納入生物甲烷原料成分，但它們佔 2020 年歐盟生產的沼氣的 40% 以上。歐洲是全球最大的生物甲烷生產國。此外，主要沼氣生產商對生物甲烷原料的國家預測繼續包括能源作物，在其他一些國家，能源作物的土地使用正在增加。即使使用第二代生物甲烷，廢料也取自其他生物質流，這些生物質流可能已被用作肥料或動物飼料，並可能被大田作物取代。有證據表明，幾乎所有形式的生物燃料都會引起間接的土地利用變化。此外，有跡象表明，在所用生物質的廢物狀況方面存在普遍的欺詐行為。
3. 減少浪費是最有效的措施。 從系統的角度來看，當任何來源的廢物成為寶貴資源時，都會有一種不正當的激勵。這導致其作為副產品而不是副產品的產量增加，破壞了廢物預防工作。例如，使用糞便作為生物甲烷原料需要大規模生產才能實現經濟可行性，但它只能略微減少畜牧業生產對氣候的整體影響。為了應對氣候危機，需要減少畜牧業生產。此外， 生物甲烷的擴張破壞了到2030年將食物浪費減少50%的可持續發展目標等努力，損害了整體陸基緩解措施和人類健康目標。 生物甲烷行業將以危險的規模鎖定集約化畜牧業生產。

用於運輸脫碳的生物甲烷可用性可能明顯低於行業預期。需要更廣泛的證據和專業知識來評估其可持續性和可行性，包括糧食系統視角、系統影響審查、甲烷洩漏的生命週期方法和跨學科方法。在此之前，生物甲烷不是航運脫碳的解決方案。